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IP類實驗代測的介紹
更新時間:2024-01-04   點擊次數(shù):992次

IP類實驗代測的介紹

 

免疫共沉淀(Co-IP 蛋白與蛋白)

免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation)是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用于研究蛋白質(zhì)相互作用的經(jīng)典方法。是確定兩種蛋白質(zhì)在完整細胞內(nèi)生理性相互作用的有效方法。 當細胞在非變性條件下被裂解時,完整細胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)間的相互作用被保留了下來。當用預先固化在agarose beads上的蛋白質(zhì)A的抗體免疫沉淀A蛋白,那么與A蛋白在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì)B也能一起沉淀下來。再通過蛋白變性分離,對B蛋白進行檢測,進而證明兩者間的相互作用。 這種方法得到的目的蛋白是在細胞內(nèi)與興趣蛋白天然結(jié)合的,符合體內(nèi)實際情況,得到的結(jié)果可信度高。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質(zhì)是否在體內(nèi)結(jié)合;也可用于確定一種特定蛋白質(zhì)的新的作用搭檔。

CHIP實驗(DNA-蛋白相互作用)
染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)的原理是:在生理狀態(tài)下把細胞內(nèi)的DNA與蛋白質(zhì)交聯(lián)在一起,通過超聲或酶處理將染色質(zhì)切為小片段后,利用抗原抗體的特異性識別反應,將與目的蛋白相結(jié)合的DNA片段沉淀下來。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)一般包括細胞固定,染色質(zhì)斷裂,染色質(zhì)免疫沉淀,交聯(lián)反應的逆轉(zhuǎn),DNA的純化,以及DNA的鑒定。因為ChIP實驗涉及的步驟多,結(jié)果的重復性較低,所以對ChIP實驗過程的每一步都應設計相應的對照,而且對結(jié)果的分析也需要有一定的經(jīng)驗。對于剛剛開始使用ChIP技術(shù)的研究人員來說,使用成熟的商品化試劑盒和相關(guān)的技術(shù)服務會達到事半功倍的效果。

Clip實驗(RNA-蛋白相互作用
核小體組蛋白可以發(fā)生多種翻譯后的共價修飾,如乙?;?、甲基化、磷酸化、泛素化等,這些共價修飾與真核基因的表達密切相關(guān)。根據(jù)“組蛋白密碼"假說,組蛋白的各種共價修飾的組合會以協(xié)同或拮抗的方式誘導特異的下游生物學功能,因此,ChIP也為研究組蛋白修飾在基因表達中的作用,全面闡明真核基因的表達調(diào)控機制提供了強有力的研究工具。
該技術(shù)主要應用于:
1.組蛋白修飾酶的抗體作為“生物標記"
2.轉(zhuǎn)錄調(diào)控分析
3.藥物開發(fā)研究
4.有絲分裂研究
5.DNA損失與凋亡分析

RIP技術(shù)(RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀)
RIP這種新興的技術(shù)運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來,然后經(jīng)過分離純化就可以對結(jié)合在復合物上的RNA進行分析。RIP可以看成是普遍使用的染色質(zhì)免疫沉淀ChIP技術(shù)的類似應用,但由于研究對象是RNA-蛋白復合物而不是DNA-蛋白復合物,RIP實驗的優(yōu)化條件與ChIP實驗不太相同(如復合物不需要固定,RIP反應體系中的試劑和抗體絕對不能含有RNA酶,抗體需經(jīng)RIP實驗驗證等等)。RIP技術(shù)下游結(jié)合microarray技術(shù)被稱為RIP-Chip,幫助我們更高通量地了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。
RIP 實驗基本原理: 1. 用抗體或表位標記物捕獲細胞核內(nèi)或細胞質(zhì)中內(nèi)源性的RNA結(jié)合蛋白。 2. 防止非特異性的RNA的結(jié)合。 3. 免疫沉淀把RNA結(jié)合蛋白及其結(jié)合的RNA一起分離出來。 4.結(jié)合的RNA序列通過microarray(RIP-Chip),定量RT-PCR或高通量測序(RIP-Seq)方法來鑒定。 延伸閱讀:95%的人類基因組并不編碼基因,而是產(chǎn)生大量的非編碼RNA,真正編碼蛋白質(zhì)的基因只占人類總基因組的約2%。這些非編碼RNA在生命的生長發(fā)育的各個階段都發(fā)揮著重要的調(diào)節(jié)作用,與艾滋病、白血病、糖尿病、畸形等多種病變密切相關(guān),并且參與著干細胞和表觀遺傳學調(diào)控。

MeRIP-PCR(m6A RNA甲基化)
MeRIP-Seq (methylated RNA immunoprecipitation sequencing)結(jié)合RNA-蛋白免疫共沉淀和高通量測序技術(shù),可實現(xiàn)全轉(zhuǎn)錄組水平上RNA甲基化分析。由于甲基化修飾約占所有RNA修飾的60% 以上,而N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A),作為最常見的一種轉(zhuǎn)錄后修飾,介導了超過80%的RNA甲基化?;贛eRIP-Seq分析RNA甲基化模式,加速了癌癥發(fā)生和轉(zhuǎn)移、胚胎發(fā)育、脂類代謝、環(huán)狀RNA翻譯和DNA損傷修復等生物學功能和作用機制的研究。

服務類型如下:
免疫共沉淀(Co-IP 蛋白與蛋白)
CHIP實驗(DNA-蛋白相互作用)
RIP技術(shù)(RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀)
Clip實驗(RNA-蛋白相互作用)
MeRIP-PCR(m6A RNA甲基化)

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